เพื่อเป็นการสนองพระราชดำริของสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถในการอนุรักษ์พันธ์กล้วยไม้ไทย ทางราชการโดยมหาวิทยาลัยแม่โจ้กองทัพบก กปร. และกรมป่าไม้จึงได้จัดตั้ง โครงการคืนชีวิตกล้วยไม้ไทยสู่ไพรพฤกษ์ อันเนื่องมาจากพระราชดำริ ขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2537 โดยมีสำนักงานตั้งอยู่ ณ มหาวิทยาลัยแม่โจ้ จังหวัดเชียงใหม่ แต่เนื่องจากการดำเนินงานอนุรักษ์พันธุ์กล้วยไม้ไทย เป็นงานที่ต้องดำเนินการอย่างต่อเนื่องเป็นระยะเวลาหลายปี ใช้งบประมาณจำนวนมาก และจำเป็นจะต้องได้รับความร่วมมือจากประชาชนทุกฝ่าย หน่วยงานที่เกี่ยวข้องจึงได้เกิดแนวคิด ในการจัดตั้งองค์กรเอกชนในรูปของมูลนิธิขึ้นในปี พ.ศ.2540 โดยใช้ชื่อว่า “มูลนิธิกล้วยไม้ไทย” ดำเนินงานอันเป็นสารธารณะประโยชน์ เพื่อนำรายได้มาช่วยเหลือ และสนับสนุนโครงการคืนชีวิตกล้วยไม้ไทยสู่ไพรพฤกษ์ อันเนื่องมาจากพระราชดำริ ในการดำเนินงานในรูปของมูลนิธินั้น มีสภาพคล่องตัวภายในกฎหมาย และข้อบังคับของมูลนิธิฯ ให้เป็นไปตามวัตถุประสงค์ที่ได้จดทะเบียนไว้กับราชการ และมีการตรวจสอบบัญชีที่สามารถให้ความมั่นใจ แก่ผู้บริจาคตามวัตถุประสงค์ที่แท้จริง