มูลนิธิกล้วยไม้ไทยเป็นองค์กรสาธารณะ ดำเนินการบริหารโดยคณะกรรมการมูลนิธิ โดยมีวาระ 4 ปี จากการสรรหาและคัดเลือกบุคคล ที่จิตกุศลให้การสนับสนุน ช่วยเหลือกิจกรรมสาธารณประโยชน์ และกิจกรรมด้านการอนุรักษ์ธรรมชาติ และสิ่งแวดล้อม บริหารงานจากดอกผลของเงินทุนจดทะเบียน ของมูลนิธิกล้วยไม้ไทย และจากเงินที่ได้รับบริจาคของผู้มีจิตศรัทธา